بدون تردید، طرح مسكن مهر يكي از بزرگ‌ترين پروژه‌هايي است كه تاكنون در سطح ملي اجرا شده است. این طرح در حقيقت يك چرخش سياستي از نظام بازار، به مديريت و هدايت دولتی، از طريق تدارك سازوكارهاي كاهنده قيمت تمام‌شده (نظير واگذاري زمين، اعطاي تسهيلات ارزان‌قيمت، اعطاي تخفيف در عوارض) به‌منظور تسهيل دسترسي خانوار‌هاي كم‌درآمد به مسكن است. با این حال، طرح مسكن به‌واسطه اشكالي كه در مخاطب‌شناسي داشت، نتوانست غالب جامعه هدف را تحت پوشش بگيرد.
نگاه واقع‌بینانه حاکی از آن است که واحدها و پروژه‌های مسکن مهر در مرحله‌ای قرار دارند که امکان رفع بخش قابل‌توجهی از کاستی‌ها، وجود ندارد؛ با این حال بايد تا حد امکان ضمن رفع یا کاهش کاستی‌های مسکن مهر، از تجارب به‌ دست‌آمده برای اصلاح مسیر سیاست‌های بخش مسکن استفاده نمود.
یکی از مهم‌ترین مشکلات این طرح، نحوه تامین مالی آن است. شارژ خط‌اعتباري مسكن‌مهر در بانك‌مركزي موجب شد پایه پولی کشور 40 درصد اضافه شود. این در حالی است که تزريق منابع بانكي به طرح مسكن مهر موجب کمبود نقدينگي در بخش‌هاي اقتصادي غیر‌مرتبط با مسكن شد؛ ضمن اینکه با توجه به یارانه‌دار بودن تسهيلات اعطايي مسكن مهر، اين طرح داراي بار مالي براي دولت‌هاي جاری و آتی است. 
نگاهی به منشا مشترک اکثر این کاستی‌ها نیز ناشی از «مقیاس نامتعارف» طرح مسکن مهر است؛ تا جایی که این مشکل، بسیاری از محاسن طرح مسکن مهر را نیز تحت‌الشعاع خود قرار می‌دهد. در این خصوص یکی از متخصصین اقتصاد مسکن، مسکن مهر را به آمپولی تشبیه می‌کرد که ‌باید به تدریج و در طول دوره درمان، به بیمار تزریق شود (مثلا 10 آمپول برای 10 روز)، ولی برای تسریع در بهبود، همه 10 آمپول در همان روز اول به بیمار تزریق شد!
در اين ميان، برخي مشكلات اجتماعي همچون تجمع فقر و جزيره‌اي‌شدن بافت‌هاي مسكوني در قالب مسكن مهر، عدم تعلق به محیط و بالطبع، عدم شکل‌گیری سرمایه اجتماعی نيز از جمله معايبي است كه بايد رفع شود.
مع الوصف، نگاهی به حجم تکالیف دولت در این طرح، اعم از تامین تسهیلات، تکمیل واحدها، خدمات زیربنایی و روبنایی و... حاکی از بار بسیار سنگینی است که بر دوش دولت کنونی نهاده شده است؛ هرچند نگاه منصفانه حاکی از آن است که به‌رغم مشکلات انکارناپذیر طرح مسکن مهر، وزارت راه و شهرسازی به تعهدات دولت قبلی در این خصوص پایبند است به گونه‌ای که حتی وزیر راه و شهرسازی، کلیه امور این طرح را به قائم‌مقام خود تفویض کرده است تا تکمیل این طرح با انسجام بیشتری تحقق یابد. 
با این حال به نظر می‌رسد مسوولان کنونی وزارت راه‌وشهرسازی، با شتابزدگی کمتر و تامل بیشتر، حرکت می‌کنند تا این طرح را با حداقل مشکلات به سامان برسانند؛ این مساله هنگامی واجد اهمیت مضاعف می‌شود که به محدودیت‌ها و تعهدات دولت کنونی، از جمله کنترل تورم توجه شود.